2018年10月10日，同济大学“深海科学馆”以全新的面貌重新开放，这是同济大学深海科学科普教育基地的又一个展馆。展馆位于同济大学海洋与地球科学学院一层，分东、西展厅两部分，占地面积约400平米，是在深海科学馆一期基础上改建而成。
深耕蓝色国土，建设海洋强国，我国海洋事业正日益向“海洋深处”挺近，所以“深海科学馆”开放首展，主题就聚焦在深潜、深网、深钻。通过展示我国和国际科学家在海底观测网建设，载人和无人深潜器，以及大洋钻探计划等的发展历程和取得的成果，能够深入浅出地向参观者呈现我国关心海洋、认识海洋、经略海洋，推动海洋强国建设不断取得新成就。
与深海探索馆暗色基调相比，深海科学馆的色调更加明亮，馆内展出有多件珍贵的深海实物展品，让大家近距离的感受到“深海科技”的魅力，东厅设置了互动交流区，可用于团体科普活动的开展。“深海科学馆”日后还会不定期的布设更多更新的深海主题展，欢迎各位师生和市民前来参观，并献言献策！